و أمر الوليد بن عبد الملك بالمحافظة عليه و يجعل فوقه عمود يختلف عن الأعمدة الأخرى ليدل عليه ثم أقيم عليه في
عهد لاحق ضريح من الخشب مُزين بالنقوش و لكنه احترق مع الحريق الأخير فأُعيد بناؤه بالرخام كما هو حال مقام سيدنا يحيى اليوم.
و تلقى الجامع أخطر حريق بسبب غزوة التتار لدمشق بقيادة تيمورلنك, حيث جمع التتار الحطب حول الجامع م كان فيه
30ألف شخص معظمهم من النساء و الأطفال, فأتت النار عليه و على من فيه.